ヒュポポリクス

以下、要約。
上から順に無印からポータブルの並び
数字はユニット+サポート+戦艦という意味
*Gジェネ無印の図鑑は専用機が別になってる
*GジェネPの図鑑はサポートがユニットに含まれてる

・図鑑に掲載される数
308+14+55+63(専用機)=440
540+18+153=711
794+24+215=1033
852(このうち19がサポート)+174=1026

図鑑に掲載されるということはイベント用の差分は除かれるので、ゲーム中に登場する機体の数としてカウントするには相応しいのではないか。
GジェネFの機体数は794でGジェネPの機体数は833、ということでポータブルの方が多い。
ただし戦艦他を含めた時はGジェネFが1033、GジェネPが1026となってエフが上回るという結果になった。
★GジェネPの機体数の方が多い。

 
・存在するデータの数
372+60+108=540
742+30+200=972
860+34+270=1164
1150+327=1452

・未完成のデータの数
0+45+22
148+1+19
0+1+40
177+123

GジェネPは携帯機だからとか、UMDは容量が、なんていう人がいるかは分からないが、GジェネPのデータ数は1452個でGジェネFよりも多い。そして未使用データも多い。
未使用データを差し引きすると、GジェネFの機体数は860でGジェネPの機体数は973となる。
★GジェネPの機体数の方が多い。

 
・生産リストに載る数
253+14+54=321
380+18+104=502
584+23+149=756
585+8+146=739

生産リストに載るというのは自軍で使用可能という意味だ。
ただし面倒なことに可変機も1機種でカウントしているので、その辺の差分が気になる人の参考にはならない。
それからHPSなど装備差分も専用機も含まれないことも留意しておきたい。
ここでは1機差で★GジェネPの機体数の方が多い。

というわけでMS/MAを「機体」と定義して数えればポータブルの方が多い。
ところが、戦艦・サポートを含めると逆転してエフの方が多くなる。

要するに、条件によって2作品の間で変わってくるので
「収録機体数」などという曖昧な範囲設定ではどちらにも転がりうると言ってよい。　

じゃあどういう定義が相応しいかと考えたら、個人的には図鑑に掲載されるMS/MAとその他細かい乗り物でいいと思う。
ゲームに登場する機体なんで自分で使えなくてもイベントで出てくるならそれでよし。
変形後、脱出後、テンション変化版などを個別に数えるかは悩むけど水増しっぽく感じるからカウントしなくていい。

ファミ通4月14日号のリーク情報として以下の文が見つかりました。

341 ： ◆06n9jvvCqU ：2006/03/29(水) 12:25:11 ID:3exn6T5z
    GジェネP
    参加作品・・１ｓｔ、０８小隊、００８０、００８３、Z、ZZ、逆シャ、F91、V、G、、W、X、∀、SEED、SEEDデス
    戦闘がスピーディーに。画面両端からダブルでカットイン。戦闘時の攻守交替の暗転がない
    エンドレスワルツ、クロスボーンも登場
    ワイド画面でマップが見やすく
    オリジナルシナリオではなく歴代作品シナリオの模様
    ムービーはGジェネからGジェネSEEDから６０本、新作９本で合計役１時間。マスターｖｓディスティーが拳を交えてたり
    ユニット総数１１３３、キャラ７８７人
（速報＠ゲー速板 Vol.012）

ここに1133という数字があります。発売の約4か月前の話ですが。
この数字はポータブルに存在する全てのユニットデータから未完成のものを引いた数字に近い。
ユニット数というより開発中のデータ数だけ数えた感じがします。
「1100以上」ということだけはパッケージ裏にも記載があります。

対するGジェネFのユニット総数は1059だと言われることが多い。

ソースは攻略本の「一生楽しむ本」
『登場全113ステージ、ユニット総数1059体、キャラクター全710人を完全網羅!!詳細なデータに加え、すべてにプロフィールなどの紹介コメント付き。』
どういう基準のカウントなのか。自分で調べずに言ってるんでしょうけど。

2016.4.15　書き
2019.11.14　文章の整理