ヒュポポリクス

・最初のガンダム
通常版1995年6月23日
ベスト版1996年11月22日

データ完全同一
最終更新 1995/5/5

最初期のプレイステーションザベストだけあって、まだ内容を変更するという発想も無かったかも知れません。
予備知識として、最初にベスト化されたソフトは1996年7月12日のアークザラッドとリッジレーサーと雷電プロジェクトです。

細かいこと言えば、2001年に出たゼータと逆シャアとGゼロは
「バンダイ・ザ・ベスト」です。

・ガンダム バージョン２
通常版1996年3月29日
ベスト版1998年3月19日

まず限定版と通常版がある
限定版はSLPS00281で通常版はSLPS00280
なのにデータの中身は両方ともSLPS002.81になっている。
そしてベスト版はSLPS_002.80だった

ベスト版は
LOAD00.IMGが5バイト大きい
EXEフォルダのファイルがほぼ違う　合計約50Kバイト大きい
その割りに最終更新が1996/3/1　になっている。
通常版も限定版も同内容で1996/3/3　が最終更新日だ。
ということは後発のベスト版の方が若くなっている。
これはマスターデータを間違えたということでしょうか？
謎が残る変更でした。　

・Zガンダム
通常版1997年12月11日
ベスト版2001年6月21日

この違いは明白で、デモムービーにOP曲が使えなくなったのがベスト版。
でも変更点はそれだけじゃないみたい。

ベスト版
ディスク1
STORYフォルダ約20キロ大きい
VS/COMA　38バイト大きい
VS/COMF　37バイト大きい
VS/LINK　163バイト大きい
OPEN_K.STRが約200キロバイト大きい(音楽が違うから)
SCPS_451.60 にファイル名が変更

ディスク2
STORY　27バイト小さい
VS/COMA　21バイト小さい
VS/COMF　25バイト小さい
VS/LINK　208バイト大きい
SCPS_451.61 にファイル名が変更

最終更新1997/11/5　(通常1997/10/3)
通常版の発売日が12月なのにベスト版の更新が11月中に終わっている。
よくわかりません。1次出荷に間に合わなかったのでしょうか？

・逆襲のシャア
通常版1998年12月17日
ベスト版2001年7月12日

完全同一
更新日1998/10/31
意外にも完全に同じデータを使いまわしているのは最初のガンダムとこのソフトだけでした。

・Gセンチュリー
通常版1997年3月20日
ベスト版1998年6月25日
BANDAI.STRが271バイト小さい (最初の企業ロゴ)
LICENSEJ.DATが追加 (存在意義が不明)
最終更新1998/4/12 (通常1997/2/10)
内容に差異を認められるもののプログラム部分は全く同じでした。

・Gジェネ
通常版1998年8月6日
ベスト版1999年5月4日

ベスト版
CG_DATA.BINが10バイト小さい
OVLフォルダが合計約500バイト大きい
最終更新日は1998/8/20 (通常1998/7/13)

詳しくは分かりませんがバグ取りをしてあるようです。
更新日から予想すると通常版でも2次出荷分から変更されていた可能性があります。

・Gゼロ
通常版1999年8月12日
ベスト版2001年5月2日

ディスク1・2共に
CG_DATA.BINが約70Kバイト大きい
OVLフォルダがいろいろ違う　約3000バイト大きい
SLPS_022.00が2048バイト大きい
SLPS_022.01が2048バイト大きい
最終更新1999/9/24　(通常1999/7/21)

MSのプロフィールリストが100%にならないという致命的なバグが直っています。
これも更新日からすると、ベストが発売になる以前からバージョン1.1的なものが出ているはずです。

　
　
ベスト版とは別の話になりますが、ギレンの野望ジオンの系譜もバグ修正版があります。ですが、ベスト版のような別パッケージになっていないため、外からでは完全に見分ける方法がありません。つまり、買ってみて起動して図鑑を見るのが確認する方法です。私は運よく3本目で発見できました。

ちなみにディスクの盤面も微妙に違っている。