ヒュポポリクス

1巻
レオスとセシアは人類進化のためにGAデータへのダイブを続けており、前作から数年の月日が経っていた。
蓄積したデータから設計された『エクストリームガンダムtypeレオスⅡヴァリアントサーフェイス(VS)』が完成しつつあり、最終調整を残すのみであった。

ある日突然、新しいGAデータ群が発見される。それはジュピターXではない別のステーションが管理しているものだった。
試しにダイブした先はuc0079のサイド7。パーフェクトジオングの介入によって既にガンダムが破壊されていた。傍らではサターンⅡのGダイバー、テミス・キロンが倒れていたので保護して帰還する。

彼から事情を聴くと、ジュピターX以外にも9つのステーションそれぞれに進化を待つ人類がいたが、サターンⅡの人間は進化できないまま亡くなってしまったという。その後サターンⅡへの攻撃があって、首謀者は先程のサイド7のデータを歪めたアルティメットアダム、通称アルアダと呼ばれる実体のある人間でマーズⅠの管理者でもある。

テミスから話を聞いている最中にAG115年のノーラコロニーへのダイブ反応を感知し、レオスとテミスで調査に向かう。そこで待っていたのはエクストリームガンダムに乗るアハトと、肖像画のザ・ガンダムに乗ったアルアダ。これはジュピターXを手薄にするための罠で、ヴァリアントサーフェイスの調整を進めるために残っていたセシアは、プリモからの襲撃を受けてマーズⅠへ連れ去られてしまう。

マーズ1ではノーノとセストを含めた4人のダークセシアとアルアダが集まっていた。4人のダークセシアはアルアダがセシアのデータから作り出したホロアクター。表向きにはアルアダに従っているが元データの影響でレオスに好意を持っている。

子孫を残すためにセシアをアルアダに渡すことが人類のためになるというテミスの意見もあるが、無作為にデータを歪ませているアルアダを信じることができないレオスはセシア奪還を誓う。
残されたレオスはヴァリアントサーフェイスを完成させるために必要なサイコフレームのためにuc96のパラオへダイブする。
それを先読みして送り込まれたセストと戦闘になるが、嫉妬したアハトの介入もあって、結局二人ともダイブアウトしていなくなる。レオスとテミスはフロンタルに招かれ面会する。

　
　
　



2巻
ここがデータ世界であることなどの事情をフロンタルに全て話したレオス。そしてアルアダについて軍備を整えているはずだと意見を貰って帰る。
帰った先では、アルアダから許可を貰ってレオスに協力しにきたノーノが待っていた。彼女からサイコフレームのデータを得るためにより良いダイブ先としてuc96のトリントンを勧められる。
アルアダはそこへ戦闘訓練の為に多数の自作の兵士を送り込む。これと戦ったのはメンバーが変更されつつもチームの名前を受け継いだホワイトディンゴ隊だった。戦闘を彼らに任せたレオスは、ロニがビームマグナムに撃ち抜かれるのを見届けた後、フェネクスに乗るアルアダと対峙する。それを見たノーノとアハトはレオスに加勢。しかし嫉妬したセストの介入でダイブオフさせられた。セストは強制的にノーノとアハトをダイブオフさせることができるという伏線。
再び1対1に戻るが、次は いち兵士として送り込まれていた少年トリムがザクキャノンでレオスを援護。アルアダの予測を上回る動きを見せる。連携によってレオスが一撃を入れたところでアルアダは戦闘を中断する。彼の言い分はサイコフレームを学んでもらうために戦ってあげたということだった。

ノーノと共にヴァリアントサーフェイスの設計を進めるレオスだったが、オリジナルのセシアでないと完成させることはできない。ノーノの提案でマーズⅠに潜入したレオスはホロデータのセシアと再会し、基礎設計データを受け取る。その間の時間稼ぎを請け負ったのはトリム。ドレッドノートでアルアダのデスティニーと戦闘する。
しかしこれでヴァリアントサーフェイスの完成という訳ではなく、まだチューニングが必要だという。トリムはダイブオフを封じられてコズミックイラに取り残されてしまっていたのだが、チューニングのために訪れたレオスとリホームで合流する。

3巻
工場を使わせてもらうためにアメノミハシラでミナと会食をするレオス。そこでアルアダ軍に対抗する策を相談した結果、それぞれの世界で戦力を纏め上げて軍を作ることになる。
ロウの手でヴァリアントサーフェイスは完成した。レオスは西暦2314で戦いを続けるノーノを助けて同時に機体のテストも行う。本来ヴァリアントサーフェイスにはリミッターが設定されていたがロウの独断によって外されていた。そのせいでサイコフレームによって意識を奪われてしまうレオスだったがプリモ達の活躍で窮地を脱する。
一方、アルアダもロウの元に赴いて、ヴァリアントサーフェイスを完成させた本人に、その相手である自分のMSの作成を依頼する。快諾したロウは結構早めにスプレマシーギアを完成させた上に大型MAスプレマシーアーマーの設計図も渡す。

プリモによって復元されたピーニャは手持ち無沙汰でジュピターXに待機していたところ874が現れてセシアを奪還すべくマーズⅠに転送されるがアルアダに見つかる。結果セシアのお世話係になるだけでお咎めなし。マーズⅠの古いデータからエクソダスアンサー(EA)計画を知ったセシアはレオスを止めることを決意する。

　
　
　

4巻
CE世界でアルアダを待ち受けていたレオス。アルアダはスプレマシーアーマーを持ち出して戦う。勝負はレオスの勝ち。そこでアルアダはEA計画について話し始める。
GA計画が失敗した時に行われるEA計画。それは地球を破壊し決別して外宇宙に進化の可能性を求めるものだった。それは永遠に近い時間途方もなく深淵をさまよい続けることを意味する。アルアダがGAデータの破壊に積極的であった理由はそこにあった。それに対してレオスはGAデータに人類進化のヒントはまだ残されていると反論。
そこへディストピアフェイズに乗ったセシアとトリムが介入し、アルアダはセシアによって精神を封じられ強制的にダイブオフさせられる。人類進化を諦めていないレオスに対して全く聞く耳を持たないセシアはレオスに攻撃を仕掛ける。

-プリモの過去話-
進化するGダイバーレオスに興味を示したアルアダが調査役としてプリモを作成。レオスが自分のライバルにふさわしい相手なのか調べさせた。4人の中で最初に作られ、セシアのデータのコピーに時間を掛けなかったプリモだけはセシア成分が少なくレオスへの好意までコピーされていなかった。初めはレオスに憎しみを抱いていたのだが、彼に危害を加えようとしたダイブ先でレオスの優しさに触れて以来、好意を持つようになる。
そういう経緯があってプリモは独自の計画でジュピターXでコピーしたex-のデータからトリムを作成。セシアと2人乗りのディストピアフェイズでアルアダと3人で相打ちになってもらい、レオスを独り占めするつもりだった。

しかしプリモの思惑は外れ、セシアは人類全体を優先しレオスを消滅させてしまう。その罪悪感とショックで精神にダメージを受けたセシアは、自身のホロボディも崩れ始める。そこでプリモは自分のデータをセシアに移植することでセシアの崩壊を止めようとする。プリモに続いて他の3人も自分のデータをセシアへと送る。修復は成功しセシアのホロボディは進化。彼女たちからレオスを救ってほしいと頼まれたセシアは迷いを捨てることができて、人類進化の道を探求するレオスの考えに同調。セシアの呼びかけにこたえるようにレオスのホロボディも進化。今のままでは勝てないと判断したトリムは撤退する。

帰還したジュピターXにて待機していたダークセシア4人と再会。渡したのはデータの一部でしかなかったのだ。

　
　
　

5巻
アルアダの脅威が去ってからというもの、ジュピターXは落ち着きを通り戻し、完全な味方となったダークセシアとピーニャの協力を得てGA計画を進めていたが、トリムの脅威が去ったわけではない。

そんなある日、セシアの肉体を確保するためにトリムがマーズⅠに現れる。レオスとプリモで阻止しに行くが、アルアダの仕掛けていた自動プログラムによってセシアの肉体はサターンⅡに運ばれていた。テミスはそれを発見していたが、セシアのカプセルはプログラムによってまた別の場所へ移動しようとしていた。行方が分からなくなる前にカプセルのプログラムに侵入したテミスは共に宇宙に飛ばされるのだった。
どちらが先にセシアの肉体を見つけ出せるか競争だというトリム。プリモはセシアの肉体を自分のものにすると言いいだし、レオスを裏切り
トリムと一緒に行ってしまう。ex-のデータから再生させたのがプリモだというのもあってトリムには受け入れられることができた。

トリムの後を追うレオスは、そこでスプレマシーギア4機をけしかけられる。そのパイロットは「人類進化同盟」と名乗るGAデータから失踪した歴史上の重要人物、東方不敗、ティエリア、シャア、ゼクスの4人であった。彼らは人類進化の道をトリムに委ねていた。プリモの介入で戦闘にはならずにレオスは帰還。

テミスからの連絡でセシアの肉体はマーキュリーⅢに移動していたことが分かる。アルアダの遺したプログラムの妨害で直接飛ぶことができないため、データ間をドリフトダイブしてマーキュリーⅢへ向かう。向かうのはレオスだけでなく、MSの操縦を覚えたセシアのエクセリアも。
二人がマーキュリーⅢへ移動したことを知ったトリムはコロニー型外宇宙移住船「アークワン」を向かわせ、トリム自身はエクストリームガンダムMk-Ⅱでレオス達と同じようにダイブ移動でマーキュリーⅢまで辿り着く。

　
　
　


6巻
前々からセストが秘密裏に用意していた機動戦艦「ジュノーX(クロス)」でアークワンを追い越すピーニャとダークセシア達。しかしプリモがジュノーXへと貼ったリンクを辿って人類進化同盟に船を乗っ取られてしまう。

先にセシアの肉体を確保したトリムは、レオスに二人の肉体をあげる代わりに地球をよこせと提案する。
強くなりすぎてGAデータの戦闘から学ぶことは何もなくなったトリムの考えた人類進化の方法は、地球環境を復活させて人類を作る材料にする。そしてGAデータ上の進化に近しい人物を選別して地球上に再現するというもの。そんな自分は人類を導くエクストリームアドミニスターだと公言。それを聞いたレオスは神になったつもりかとブチギレ。セシアもホロアクターとして活動するから肉体は必要ないと割り切る。
交渉決裂し、セシアの肉体はアークワンが回収。人類進化同盟の去ったジュノーXは無傷で解放された。

ジュノーXと合流したレオス達は無事に合流。全員で策を練っているところへフォンが登場し打開策を持ってくる。
以前接触した時にフォンはプリモにウィルスボムを仕掛けていた。トリムの近くでそれを爆発させればホロボディと共にデータ本体も消滅する。その作戦を聞いてレオスはブチギレ。起爆スイッチはセシアが預かることになる。さらにフォンからの情報提供でアークワンは地球のステーション「アース0」にいることが分かってすぐ向かうことになる。

金星付近で待ち伏せていた同盟はジュノーXへリンクデータを貼って自由を奪う。ジュノーXはGAデータ内でも航行できるということなので船ごとダイブした先でシャアが待っていた。彼らからの提案はセシアの肉体を返すので2on2で戦えということで、1戦目はノーノ・セシア対シャア・ハマーン。ノーノはハマーンと相打ちに持ち込んで消滅。最終的にセシアの説得によってシャアは反省する。

プリモは2対2で戦うゲームのような戦闘形式についてトリムに説明を求める。返答としてはレオス達は力を合わせると強くなるので個別に倒すためだと言っていた。2戦目の相手はティエリアとELS。戦うのはレオスとセスト。

　
　
　

7巻
ELSは複数のスプレマシーアーマーに擬態し、既に2対2ではなくなる。更にティエリアの管理権限でピーニャとアハトがGAデータ上から退場させられる。危機感を抱いたテミスはサターンⅡの管理コンピュータに入り込み、セシアをジュノーXごと退避させる。セストはELSを引き連れてGAデータから退場。レオスもティエリアに引っ張られて彼の作った世界に転移させられる。
それを見ていたトリムは何故か邪魔者はいなくなったと言って喜んでるけど、どういう判断なのかよく分からん。その場のノリで言っただけだと思われ。

ピーニャとアハトはティエリアの作った世界でそれぞれゼクス、東方不敗と向き合っていた。しかしこれは人類進化に対するレオス側の考えを知りたいがための行動であり、初めから敵対するつもりはなかったのだ。結果的に同盟の全員から認められて、レオスはトリムの元へ送られる。

一方、ひとりジュノーXで地球に向かっていたセシアはプリモからウイルスの起爆スイッチを奪われた。
プリモはトリムの元に戻り起爆させようとするが、そこへレオスが到着する。レオスを巻き込むまいとしたプリモはディストピアフェイズにトリムのガンダムを挿れて別データへとダイブ。ドヤってウィルスを起動させるが既にウィルスの存在は知られていて対策されていたためプリモだけが消滅するかに思われた。そこにダークセシア達が現れてウィルスを除去。プリモを温かく迎え入れる。ちなみに前の戦闘で自爆したかと思われていたノーノはセストによる強制ダイブアウトで助かっていた。

ここに来るまでの道中でセストがジュピターXのコンピュータからトリムを倒すヒントを探していたところ、プロジェクトフォースのデータが見つかってハロが反応する。ジュピターXはもともとアース0の軌道エレベーター頭頂部のステーションだったのだ。ハロに記録された、アイレとテレノが緊急時のために残したメッセージと、extraが本来の目的から道を外したときに初期化するためのバックアップデータを受け取っていた。

レオスとセシア、ダークセシア達とピーニャの全員でトリムのガンダムに立ち向かうが、歯が立たない。
ボロボロになった段階でセストはレオスにバックアップデータを託す。動揺を隠せないトリムだったが、レオスはトリムの初期化を拒否。
誰だって書き換えられていい訳がないし、トリムからも学ぶことがあると言い、レオスのガンダムとセシアのガンダムが融合。
極限の願いにシステムが答えた結果、エクストリームアプリケーションオンが完成。次々とトリムの技を習得したレオスはトリムに勝利する。

後日談
トリムはレオスとお互いに学びながら人類進化の道を探す。マーズⅠでは正気に戻ったアルアダがレオスに任せる形で活動を見守っていた。ジュピターXは地球に腰を下ろすこととなった。トリムが地球を再生したことで知生体の誕生が生まれる可能性が高いというところで終わり。